Синагога Пинкас является второй старейшей синагогой в Праге. Синагога была построена в Еврейском квартале в 1519-1535 годах. Строительство тесно связано с семьей Мешулама Горовица, известной еврейской семьей в Праге в 16 веке.

В послевоенные годы синагога стала памятником чешским и моравским евреям, павшим жертвами нацистских репрессий. В 1992-1996 гг. 80 000 имен чешских и моравских евреев, ставших жертвами нацистов, были вручную написаны на стенах синагоги. Сегодня синагога находится в ведении Еврейского музея в Праге.